安南圖書館於民國56年10月設立於安南區民眾服務分社房舍內，民國70年9月遷入安南區聯合辦公大樓三樓。

921震災後，大樓建築物載重負荷堪憂，遂於民國89年底將開架書庫遷至大樓後方之原第二平民診所；而期刊閱報室、普通閱覽室及兒童閱覽室仍留在聯合辦公大樓內，自此館舍分為兩棟管理，民國111年因聯合辦公大樓經結構工程技師及土木技師評估後，耐震能力及結構有安全疑慮，三樓兒童閱覽室及自修室關閉，兒童閱覽室全部圖書(含兒童書、多元文化書籍、英語學習書籍)遷至大樓後方之原第二平民診所(後棟書庫)。

民國97年蒙安南區大廟朝皇宮捐贈圖書車乙部，當年9月開始於大安南地區巡迴服務。

民國102年獲教育部補助增設資訊檢索區供民眾使用。本館原隸屬於臺南市立圖書館，民國103年移撥區公所人文課管理。